La totalité des personnels enseignants et techniques du Département des Sciences Pharmaceutiques a une affectation dans un laboratoire de recherche labellisé au niveau national (INSERM, CNRS, IRD, INRA) et est publiante. Historiquement, du fait de l’absence de locaux dédiés à la recherche, les enseignants chercheurs du Département des Sciences Pharmaceutiques ont essaimé dans les différents laboratoires du site toulousain. La construction du bâtiment R (pour « recherche ») a permis d’accueillir sur le site du Département des Sciences Pharmaceutiques le laboratoire PHARMADEV. Deux laboratoires (LGG et CIRIMAT) ont des antennes dans les locaux du Département des Sciences Pharmaceutiques.
Les enseignants du Département des Sciences Pharmaceutiques ont un investissement très fort en recherche avec des responsabilités de laboratoires (CRCT, I2MC, PHARMADEV) et de nombreuses responsabilités d’équipes au sein de laboratoires (PHARMADEV,CRCT, I2MC, LGC, LCC, TOXALIM, IPBS). Les thématiques de recherche concernent bien évidement les médicaments mais aussi les matériaux, l’immunothérapie et les sciences fondamentales comme la chimie et la biologie. Les projets de recherche développés dans les différents laboratoires ont pour objectifs de comprendre la physiopathologie de maladies (cancers, maladies infectieuses, maladies métaboliques et cardiovasculaires), de caractériser leurs traitements, et développer de nouvelles stratégies thérapeutiques.